Il suffit de dézipper l'extension dans le dossier ~/.local/share/gnome-shell/extensions et de renommer le dosier extrait en fonction de l'UUID déclaré dans le fichier metadata.json.

Ex : Pour installer topicons, de extensions.gnome.org/extension/495/topicons/. Vous trouverez la dernière version (en mai 2015)
de l'extension sur la page web de l'auteur de l'extension.

% cd ~/.local/share/gnome-shell/extensions
% wget http://94.247.144.115/repo/topicons/snapshot/topicons-26.zip
% unzip topicons-26.zip
# Vous pouvez regarder ce que contiennent les fichiers avant d'activer l'extension.
% grep uuid topicons-26//metadata.json
  "uuid": "topIcons@adel.gadllah@gmail.com",
% mv topicons-26 topIcons@adel.gadllah@gmail.com

Vous devriez maintenant être capable d'activer l'extension depuis l'interface de gnome-shell-extension-prefs.
Si rien ne semble se produire, comme dans mon cas, essayez de recharger gnome-shell (alt+F2, r puis entrée).